“十一五“期间，学院以高度的使命感，及时支撑国家重大科技需求，并在国家重大决策中发挥重要的科技咨询作用：以沈国舫院士为首的团队，完成了“中国区域农业资源合理配置、环境综合治理和农业区域协调发展战略研究”、“东北地区水土资源配置、生态环境建设和可持续发展战略研究”、“新疆可持续发展中有关水资源的战略研究”、“三峡工程对生态和环境的影响”等多个重大咨询项目研究，为国家和地方经济可持续发展政策制定提供了科技支撑。2008年初南方发生特大冰雪灾害，实验室迅即组织3个专家组共20多人，大年初七即奔赴湖南、江西和贵州现场考察调研，及时向国家林业局全体党组成员汇报灾害评估结果，并提出了科学合理的灾后恢复政策建议与技术体系；并为灾后“国家级灾后森林恢复重建工程”的立项作出了突出贡献，得到了高度评价与社会肯定。此外，以山西太岳野外试验站为核心，在全国油松分布区和云杉分布区一级红松阔叶林分布区分别设立了生态系统定位观测样带，提供了丰富而珍贵的科研资料，成果丰硕。

此外，学院还积极与地区政府合作，开展科技服务：在“服务首都新农村，播撒绿色新希望”的主题下举办“北林学子培训首都生态林管护员”活动，组织培训出上百名学生对几千名骨干管护员进行强化培训。

牵头主办北京植物种质资源调查项目，对北京的植物种质资源进行清查和对重要种质资源进行保护、开发利用研究，掌握北京市各类植物种质资源的种类、分布、数量、质量、保护和经营管理状况，建立北京市植物种质资源信息库，并最终实现对全市种质资源进行统一区划，从而促进北京市园林绿化事业又好又快地发展。