南方基地位于我国林权改革先行试验区-福建三明市，规划占地3万亩，包括科技楼、实验苗圃和综合试验示范区三部分。基地以服务于国家林权制度改革为背景，以解决南方集体林区林业发展面临的实际技术问题，提高基层林业科技培训和技术服务水平、扩大科技成果转化率，完善林业产业化结构，加强良种生产和繁育能力为宗旨，紧紧围绕林权改革后南方集体林经营和培育技术，林区产业发展，打造一个林业高等学校面向社会科技服务和国家新农村建设的大窗口、大平台。

基本设施情况：2012年基地科技楼主体竣工，建筑面积15647.68平方米，总投资2300万元。2014年基地综合楼竣工，建筑面积6900平方米，总投资1100万元。2016年，投资120万元购买生物显微镜、树木年轮分析仪、专业测径仪、树木针测仪等，完善基地设备。现北林大实验楼已完成2000平方米实验室装修，投资76万元改造基地学生食堂。基地资源收集区，闽台优良林木种质资源基因库规划面积1000亩，现已完成200亩珍贵树种、经济林木、观赏树木、优良品系等四个收集区规划。基地高世代种子园，占地面积1000亩，现已建设杉木三代种子园682亩以及杉木、马尾松、光皮桦子代测定林300多亩，林木良种中心工作房、种子晒场和优良杉木无性系采穗圃已竣工并投入使用。

基地建设以来，先后有24个科研项目在此开展研究。2015年由北京林业大学宋维明教授主持、北京林业大学经管院、中国林业科学研究院、中国人民大学、中国社科院共同参与的三明市林业局委托项目“福建省三明市森林生态系统综合价值评价研究”，在北京通过专家评审，三明市森林生态系统服务协能价值达1840.09亿元。2015年，将乐国有林场与北京林业大学新建国家花卉工程技术研究中心梅花种质资源圃50亩。2016年，国家林业局重点项目“杉木诱变育种技术”现场查定并通过。北京林业大学与金森集团签订紫薇产业化项目合作协议，建设紫薇1000多亩，引进37个品种。

通过5-10年的建设，逐步将该基地打造成国内林业科技服务水平一流、设备条件一流、创新成果一流，集社会服务、人才培养、成果转化、科学研究为一体的多功能基地。最终成为我国林业重大科研成果孵化器，现代林业高新技术研究推广中心、国内一流的产学研实践基地。